Si le Conseil d'Etat rappelle en préalable que le « régime de l'établissement public n'est pas remis en cause dans son principe », de nouvelles questions émergent, notamment s'agissant ses établissements publics qui interviennent sur les marchés concurrentiels.

Le Conseil d'Etat préconise en outre que « des dispositions législatives viennent déterminer durablement les cas dans lesquels la création d'un établissement public relèverait ou non de la loi ». Au-delà, le Conseil d'État envisage l'opportunité de revenir sur le principe selon lequel un établissement public particulier peut, par lui-même, constituer une « catégorie ».
Le rapport propose également toute une série d'aménagements visant à conférer plus de souplesse à l'organisation et au fonctionnement des établissements et à donner ainsi plus de portée au principe d'autonomie qui est à la base de cette institution.