Un mois après la condamnation de la France pour transposition incorrecte de la directive 92/43 Habitats (CJUE 4 mars 2010) paraît le décret n° 2010-365 du 9 avril 2010 relatif à l'évaluation des projets susceptibles d'avoir des incidences « au regard des objectifs de conservation » des sites Natura 2000. Ce texte modifie le contenu de l'évaluation spécifique exigée par l'article L. 414-4 du code de l'environnement ainsi que le processus selon lequel elle est conduite.
Il répond principalement au reproche fait à la France d'avoir excessivement restreint le champ d'application de l'évaluation préalable des projets pouvant affecter les sites Natura 2000. Ainsi, le décret comporte une longue liste de catégories de documents de planification, programmes ou projets de travaux ainsi que de manifestations (sportives, etc.) ou interventions qui, par principe, doivent faire l'objet de l'évaluation spécifique. Il prévoit également que les projets qui affectent une zone Natura 2000 devront faire l'objet d'une évaluation alors même qu'ils ne couvrent pas directement le périmètre du site. En outre, l'exemption systématique d'évaluation dont bénéficiaient les projets soumis à un régime déclaratif est remise en cause. Dois dès lors être mise en place une procédure permettant à l'autorité administrative de s'opposer à un projet soumis à simple déclaration dès lors qu'il peut compromettre la conservation d'un site Natura 2000.