Le rapport annuel de la Cour des comptes, rendu public le 9 février 2010, relève cette année un déficit public de 7,9 % (3,4 % en 2008) et une aggravation du déficit structurel lié à la forte croissance des dépenses publiques. Selon la Cour, la maitrise des finances de l'Etat, s'agissant notamment de sa masse salariale, implique d'aller au-delà du non remplacement d'un fonctionnaire sur deux partant à la retraite : la Cour préconise une meilleure gestion de ses effectifs en faisant de la politique de rémunération des fonctionnaires un « enjeu essentiel ». Alain Pichon, doyen des présidents de chambre faisant fonction de premier président, suggère également de réduire le périmètre d'intervention des administrations publiques et simplifier les structures administratives.
S'agissant des dépenses locales, elles on augmenté 3,1 % entre 1999 et 2008. Seule une vaste réforme de l'organisation générale des collectivités locales permettra, d'après le rapport, de ralentir cette croissance..
Certains services de l'État et organismes publics ne sont pas non plus épargné : faible productivité de la SNCF à l'égard de ses concurrents, dérives financières des programmes d'armement (12 milliards d'euros en 2009), défaillances dans la gestion du parc automobile des services centraux de la police nationale et « inutilité patente » du corps des inspecteurs de l'académie de Paris. La Cour, qui a également procédé au contrôle de la gestion durable de l'eau, déplore que les redevances perçues par les agences de l'eau ne reposent pas suffisamment sur le principe pollueur-payeur, que les subventions de ces agences soient peu orientées vers des actions de prévention et que la police de l'eau ne soit pas suffisamment répressive.
Parmi les suites données aux observations l'année précédente, 688 recommandations ont donné lieu à 502 réformes, mais d'après la Cour certains résultats sont insuffisants. Concernant la gestion du parc locatif social, la Cour regrette l'opacité du fonctionnement des commissions d'attribution de logements. Elle constate en outre que ses recommandations sur les risques en matière d'emprunt pris par les collectivités locales n'ont été que partiellement suivies. La revalorisation du rôle des assemblées délibérantes et l'organisation d'un débat annuel sur l'état de la dette nécessitaient des modificatives législatives qui ne sont pas intervenues. De même, le recensement de la dette des collectivités locales ne s'est pas poursuivi.