L'article L. 341-3 renvoie au pouvoir réglementaire la détermination des conditions dans lesquelles les intéressés sont invités à présenter leurs observations lorsqu'un monument naturel ou un site fait l'objet d'un projet de classement. L'article L. 341-13 prévoit que le déclassement total ou partiel d'un monument ou d'un site classé est prononcé, après avis de la commission supérieure des sites, par décret en Conseil d'État et qu'il est notifié aux intéressés.
Le Conseil constitutionnel a relevé que "le classement et le déclassement de monuments naturels ou de sites constituent des décisions publiques ayant une incidence sur l'environnement" (cons. 25). Or, il ajoute que "ni les dispositions contestées ni aucune autre disposition législative n'assurent la mise en oeuvre du principe de participation du public à l'élaboration des décisions publiques en cause ; que, par suite, en s'abstenant de modifier l'article L. 341-3 en vue de prévoir la participation du public et en modifiant l'article L. 341-13 sans prévoir cette participation, le législateur a méconnu les exigences de l'article 7 de la Charte de l'environnement ; que les articles L. 341-3 et L. 341-13 du code de l'environnement doivent être déclarés contraires à la Constitution". Cette déclaration d'inconstitutionnalité prend effet au 1er septembre 2013, compte tenu des conséquences manifestement excessives qui résulteraient de l'abrogation immédiate. Aussi, le Conseil constitutionnel indique que "les décisions prises, avant cette date, en application des dispositions déclarées inconstitutionnelles ne peuvent être contestées sur le fondement de cette inconstitutionnalité" (cons. 31).
Le Conseil constitutionnel a également examiné les griefs formulés contre les autres dispositions contestées et fondés sur le droit à un recours juridictionnel effectif, le droit de propriété et la liberté d'entreprendre, ainsi que la méconnaissance de l'objectif de valeur constitutionnelle d'intelligibilité et d'accessibilité de la loi. Le Conseil a écarté ces griefs et jugé conformes à la Constitution les articles L. 341-1, L. 341-2, L. 341-6, L. 341-9 et L. 341-10 du Code de l'environnement relatifs à la procédure de classement et de déclassement des monuments naturels et des sites.