À la fin du mois de novembre 2020, l’épidémie de Covid-19 avait causé le décès de plus de 50 000 personnes en France, la plaçant au quatrième rang des pays les plus touchés de l’Union européenne. Était-il possible d’éviter ce bilan ? 
Ce rapport, fruit de six mois de travaux et de 56 auditions, entend pointer les forces et les faiblesses d’un système dans son ensemble et répondre aux questions suivantes. Avons-nous réagi suffisamment vite et de façon adéquate dans la lutte contre le virus aux mois de janvier et février  ? Etions-nous organisés pour affronter  une  crise  sanitaire  majeure ? Disposions-nous des moyens nécessaires dans les hôpitaux et dans les stocks stratégiques (masques, médicaments...) ? La commission d'enquête déplore une succession d’impréparations, de pesanteurs et d’hésitations. Elle constate tout d'abord la pénurie majeure en équipements de protection et en particulier en masques. Ensuite elle remarque que l'organisation nationale et territoriale de la gestion de la crise, et notamment de son pilotage, n’ont pas  fonctionné aussi efficacement que souhaité en raison notamment de lourdeurs bureaucratiques et administratives. Celles-ci ne sont pas propres au secteur sanitaire, mais ont entravé les capacités d’adaptation et d’agilité qu’exigeait cette crise majeure. Ce constat s’est notamment illustré sur la question des tests ou encore de la gestion des frontières. Par ailleurs, le dispositif de réponse à la crise, a été marqué par un important hospitalo-centrisme, qui a contribué à aggraver des tensions déjà exacerbées par l’affaiblissement structurel du système de santé. 
Sur la base de ces constats, le présent rapport entend également dégager des recommandations et formuler des propositions afin de contribuer à une meilleure appréhension,  à l’avenir, des crises sanitaires d’ampleur. Il propose notamment la création d’un ministère délégué, auprès du Premier ministre, à l’anticipation des crises, la restauration de  la  souveraineté  sanitaire de la France ou encore la départementalisation des agences de santé et le transfert de la compétence territoriale de la gestion des crises sanitaires aux préfets de département.