On rappellera que pour ce qui concerne la fonction publique territoriale, les règles relatives au temps de travail sont précisées par le décret n° 2000-815 du 25 août 2000, relatif à l’aménagement et à la réduction du temps de travail dans la fonction publique de l’Etat, rendu applicable aux agents territoriaux par l’article 1^er du décret n° 2001-623 du 12 juillet 2001. Le temps de travail effectif annuel est fixé à 1607 heures au maximum, à compter du 1^er janvier 2005, auxquelles peuvent s’ajouter des heures supplémentaires. Ce temps de travail annuel qui peut se décliner par des régimes horaires dépassant la durée hebdomadaire de 35 heures peut donc donner droit à des jours de RTT.

Pour faire suite à la parution de ces textes, nombre de collectivités territoriales et d’établissements publics locaux avaient mis en place un système de dégrèvement, particulièrement en cas de congé de maladie, considérant que les jours RTT correspondant à un dépassement de la durée du temps travail, la durée des absences pour maladie avaient une incidence sur les droits à RTT.

Cette interprétation avait été validée par une réponse ministérielle le 03 juillet 2003 (1) qui indiquait : « A l’exception, d’une part des congés annuels qui sont intégrés dans le décompte des 1600 heures annuels, d’autre part, du congé pour participer aux activités des organisations de jeunesse et d’éducation populaire, des fédérations et des associations sportives et de plein air (art. 57-8) et du congé d’accompagnement d’une personne en fin de vie (art. 57-10) pour lesquels la durée du congé est assimilée en tout point à une période de service effectif, les congés prévus à l’article 57 et au 3^ème alinéa de l’article 74 de la loi du 26 janvier 1984 modifiée portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale ne peuvent ouvrir droit à des jours de RTT. (…) En conséquence, les absences au titre des congés prévus aux articles 57 (à l’exception des 8^ème et 10^ème alinéas) et 74 (3^ème alinéa) précités réduisent à due proportion le nombre de jours RTT que l’agent peut acquérir».

Toutefois, le juge administratif allait retenir une autre interprétation, plus littérale. Ainsi, concernant la fonction publique hospitalière, le Conseil d’Etat s’est prononcé par un arrêt du 30 juin 2006, Fédération CFTC Santé et Sociaux (n° 243766) en considérant « que le droit au congé de maladieprévu par l'article 41 de la loi du 9 janvier 1986 faisait obligation au gouvernement de décompter pour le calcul des durées annuelles de travail effectif, le temps pendant lequel les agents sont en congé de maladie ».

S’agissant de la fonction publique territoriale et s'appuyant sur la décision du Conseil d'Etat, la cour administrative d’appel de Bordeaux dans un arrêt du 11 février 2008, syndicat CFDT INTERCO des Pyrénées-Atlantiques (n° 05BX00130), relève : « Considérant que le droit au congé de maladie prévu par l’article 57 de la loi du 26 janvier 1984, fait obligation de prendre en compte, pour le calcul des durées annuelles de travail effectif, le temps pendant lequel les agents sont en congés de maladie ; que la définition de la durée du travail effectif donnée par l’article 2 du décret du 25 août 2000, auquel renvoie l’article 1^er du décret du 12 juillet 2001, n’a pas pour objet, contrairement à ce que soutient l’office, et ne saurait avoir légalement pour effet, d’exclure du temps de travail effectif le temps des congés de maladie ».

En application de ces décisions, certaines collectivités et établissements publics locaux qui avaient mis en place un système de dégrèvement des jours RTT en cas de congés de maladie sont revenus sur ces dispositions pour accorder le bénéfice des jours RTT à leurs agents placés dans cette situation.

Pour autant, la situation n'était pas figée et d'autres juridictions saisies sur le même sujet ont pû rendre un avis différent, telle la cour administrative d'appel de Marseille qui dans son arrêt du 24 novembre 2009 (07MA04520) estime « que le nombre de jours supplémentaires de repos prévu au titre de la réduction du temps de travail est calculé non en fonction du travail prévu ou censé être accompli mais en proportion du travail effectivement accompli dans le cycle de travail ».

Face à ces interprétations divergentes, à la réticence de certaines administrations quant à leur application et à une volonté de concordance avec les pratiques du secteur privé, le parlement a souhaité réaffirmer que les jours de congé maladie ne sauraient impacter la durée légale du temps de travail. C'est ainsi, que l’article 115 de la loi n° 2010-1657 du 29 décembre 2010 de finances pour 2011 dispose : « La période pendant laquelle le fonctionnaire relevant de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires ou l’agent non titulaire bénéficie d’un congé pour raison de santé, ne peut générer de temps de repos lié au dépassement de la durée annuelle du travail ».

Ainsi, le législateur est revenu sur la jurisprudence et désormais, l'ensemble des congés pour raisons de santé (maladie ordinaire, maladie professionnelle, longue maladie, accident de service...) n’ouvrent donc plus droit aux jours de RTT (2). Les autres motifs d’absence qui avaient pourtant été évoquées dans la réponse ministérielle précitée (congés de maternité, congés pour décharge d'activité syndicale...) ont êté exclues de cette nouvelle mesure et paraissent donc toujours donner droit aux RTT.

(1) JO Sénat du 03/07/2003 page 2153

(2) Un argument avancé lors des débats serait que cette mesure permettrait l’économie de 2 millions de jours RTT soit l'équivalent de 10000 emplois à temps plein. (JO Sénat du 07/12/ 2010 page11833)